La réforme de la facturation électronique inquiète beaucoup de professionnels de santé libéraux, souvent pour de mauvaises raisons. Bonne nouvelle : vos actes de soins ne sont pas concernés par l'obligation d'émettre. En revanche, depuis septembre 2026, vous devez être en mesure de recevoir les factures de vos fournisseurs au format électronique.
La réponse courte : vous recevrez, vous n'émettrez pas
La réforme impose progressivement la facture électronique aux échanges entre entreprises assujetties à la TVA. Le mot important est « assujetties ».
Les actes de soins dispensés par un infirmier, une sage-femme, un kinésithérapeute ou un dentiste sont exonérés de TVA. Ils ne rentrent pas dans le périmètre de la réforme. Vous n'aurez pas à émettre de factures électroniques pour vos actes de soins, ni maintenant ni en 2027.
L'obligation qui vous concerne est l'autre versant de la réforme, celui dont on parle beaucoup moins : la réception. Vos fournisseurs, eux, sont assujettis. Quand ils vous facturent, ils doivent le faire au format électronique, et vous devez être en mesure de recevoir.
Le calendrier officiel
| Date | Ce qui devient obligatoire | Pour qui |
|---|---|---|
| 1er septembre 2026 | Réception des factures électroniques | Toutes les entreprises assujetties à la TVA |
| 1er septembre 2026 | Émission des factures électroniques | Grandes entreprises et ETI |
| 1er septembre 2027 | Émission des factures électroniques | PME et TPE |
Attention à une confusion très répandue : un calendrier antérieur évoquait une échéance en 2028 pour les TPE. Ce n'est plus le cas. L'échéance de septembre 2027 est désormais celle qui s'applique.
Pour un professionnel de santé libéral dont toute l'activité relève des actes de soins, seule la première ligne de ce tableau compte : la réception des factures de vos fournisseurs.
Le cas de l'activité mixte
C'est la situation qui mérite votre attention, parce qu'elle passe facilement sous le radar.
Dès qu'une partie de votre activité est soumise à la TVA, la réforme s'applique à cette partie. Une expertise réalisée pour un tribunal, une formation facturée à un organisme, une prestation de conseil : ces opérations n'entrent pas dans l'exonération des soins.
Le raisonnement à tenir n'est donc pas « je suis professionnel de santé, je ne suis pas concerné », mais « quelles sont mes opérations soumises à TVA, et sont-elles assez significatives pour que je doive émettre au format électronique ? »
Ce que « recevoir » veut dire concrètement
Recevoir une facture électronique n'a rien à voir avec recevoir un PDF par courriel. Dès que l'obligation s'applique à vos fournisseurs, ce qui est le cas depuis septembre 2026 pour les grandes entreprises, voici ce que vous devez avoir mis en place.
Une facture électronique au sens de la réforme est un fichier structuré, dans l'un des trois formats admis : Factur-X, UBL ou CII. Pour la recevoir, vous devez :
- Être identifiable. Votre SIREN doit figurer dans l'annuaire national, qui indique à vos fournisseurs par où vous joindre.
- Avoir une adresse de réception. C'est le point d'arrivée de vos factures entrantes.
- Passer par une plateforme agréée. C'est elle qui reçoit, décode et met à votre disposition les factures dans un format lisible.
Le portail public ne fera pas le travail à votre place
Beaucoup d'articles encore en ligne annoncent qu'on pourra utiliser gratuitement le Portail Public de Facturation. Ce n'est plus exact. Le PPF n'acceptera ni émission ni réception de factures : il n'est pas et ne sera pas une plateforme utilisable directement.
Il conserve deux fonctions, essentielles mais en arrière-plan : tenir l'annuaire national qui relie votre SIREN à votre plateforme de réception, et centraliser les données de facturation pour l'administration fiscale.
Autrement dit, le passage par une plateforme agréée est obligatoire. C'est la première décision à prendre, et si vous ne l'avez pas encore prise, c'est le moment.
Ce que la réforme ne change pas
C'est le point qui rassure le plus, et il mérite d'être dit clairement : votre facturation aux caisses n'est pas concernée.
Les feuilles de soins électroniques, la télétransmission via SESAM-Vitale, les retours NOEMIE, la transmission des pièces justificatives via SCOR : tout cela reste exactement dans le même circuit.
La réforme de la facturation électronique concerne vos relations avec vos fournisseurs et vos éventuels clients professionnels assujettis à la TVA. Elle ne touche pas à la facturation de vos actes de soins.
Ce qu'il faut faire maintenant
- Faire l'inventaire de vos opérations soumises à la TVA. S'il n'y en a aucune, vous n'avez que la réception à traiter.
- Interroger votre expert-comptable et votre éditeur de logiciel. Certains logiciels de gestion de cabinet intègrent déjà un module de réception.
- Choisir une plateforme agréée et vous y raccorder. C'est ce qui vous rend joignable dans l'annuaire.
- Décider qui traite les factures entrantes. Une facture reçue sur une plateforme et que personne ne consulte, c'est une facture non payée et un fournisseur mécontent.
Ce quatrième point est celui qu'on sous-estime le plus. La réforme ne fait pas disparaître le travail administratif, elle le déplace.
Se mettre en règle sans subir
L'obligation de septembre 2026 est modeste dans son contenu, mais elle est déjà en vigueur, et elle suppose une décision : quelle plateforme, quel traitement, et qui s'en occupe.
C'est exactement le type de sujet sur lequel une assistante spécialisée en gestion administrative fait gagner du temps : identifier ce qui vous concerne vraiment, choisir un outil adapté, et intégrer le flux dans une routine de traitement régulière.
Les informations de cet article reflètent le calendrier et les règles en vigueur à sa dernière mise à jour. La réforme a connu plusieurs reports successifs, et ses modalités techniques peuvent encore évoluer.
