La réforme de la facturation électronique inquiète beaucoup de professionnels de santé libéraux, souvent pour de mauvaises raisons. La question qui revient est « vais-je devoir facturer mes patients autrement ? ». La réponse est non. Mais une autre obligation, elle, vous concerne bel et bien, et elle arrive le 1er septembre 2026.
En 30 secondes
- Vos actes de soins ne sont pas concernés par l'obligation d'émettre des factures électroniques : ils sont exonérés de TVA et réalisés au bénéfice de particuliers.
- Votre facturation aux caisses ne change pas. SESAM-Vitale, feuilles de soins électroniques et SCOR suivent un circuit totalement distinct.
- En revanche, dès le 1er septembre 2026, vous devez être en mesure de recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs.
- Recevoir suppose d'être référencé dans l'annuaire national et de disposer d'une adresse de réception, donc de choisir une plateforme agréée.
- Si une partie de votre activité est soumise à la TVA, cette partie devra émettre au format électronique à partir du 1er septembre 2027.
La réponse courte : vous recevrez, vous n'émettrez pas
La réforme impose progressivement la facture électronique aux échanges entre entreprises assujetties à la TVA. Le mot important est « assujetties ».
Les actes de soins dispensés par un médecin, un infirmier, un kinésithérapeute, un dentiste ou une sage-femme sont exonérés de TVA, et ils sont facturés à des particuliers ou à l'Assurance Maladie. Ils sortent donc du champ du dispositif. Aucune obligation d'émettre ne pèsera sur eux, ni en 2026, ni en 2027.
L'obligation qui vous concerne est l'autre versant de la réforme, celui dont on parle beaucoup moins : la réception. À partir du 1er septembre 2026, vos fournisseurs assujettis à la TVA, c'est-à-dire votre grossiste en matériel, votre éditeur de logiciel, votre société de nettoyage, votre expert-comptable, vous enverront leurs factures au format électronique. Il faut que vous puissiez les recevoir.
Le calendrier officiel
| Date | Ce qui devient obligatoire | Pour qui |
|---|---|---|
| 1er septembre 2026 | Réception des factures électroniques | Toutes les entreprises assujetties à la TVA |
| 1er septembre 2026 | Émission des factures électroniques | Grandes entreprises et ETI |
| 1er septembre 2027 | Émission des factures électroniques | PME et TPE |
Attention à une confusion très répandue : un calendrier antérieur évoquait une échéance en 2028 pour les TPE. Ce n'est plus le cas. Pour l'émission, la dernière marche est bien le 1er septembre 2027.
Pour un professionnel de santé libéral dont toute l'activité relève des actes de soins, seule la première ligne de ce tableau s'applique.
Le cas de l'activité mixte
C'est la situation qui mérite votre attention, parce qu'elle passe facilement sous le radar.
Dès qu'une partie de votre activité est soumise à la TVA, la réforme s'applique à cette partie. Un médecin qui réalise des expertises pour un tribunal, un professionnel qui facture des formations, de la location de matériel ou des prestations à une autre société : ces opérations-là sont assujetties, et elles devront être facturées au format électronique à compter du 1er septembre 2027.
Le raisonnement à tenir n'est donc pas « je suis professionnel de santé, je ne suis pas concerné », mais « quelles sont, dans mon activité, les opérations soumises à la TVA ». Si la réponse est aucune, vous n'avez que la réception à préparer.
Ce que « recevoir » veut dire concrètement
Recevoir une facture électronique n'a rien à voir avec recevoir un PDF par courriel. Le PDF simple ne sera plus une facture valide entre entreprises.
Une facture électronique au sens de la réforme est un fichier structuré, dans l'un des trois formats admis : Factur-X, UBL ou CII. Elle transite par une plateforme, pas par votre boîte mail. Trois choses sont donc nécessaires :
- Être identifiable. Votre SIREN doit figurer dans l'annuaire national, qui indique à vos fournisseurs par où vous joindre.
- Avoir une adresse de réception. C'est le point d'arrivée de vos factures entrantes.
- Passer par une plateforme agréée. C'est elle qui reçoit, décode et met à votre disposition les factures dans un format lisible.
Le portail public ne fera pas le travail à votre place
Beaucoup d'articles encore en ligne annoncent qu'on pourra utiliser gratuitement le Portail Public de Facturation. Ce n'est plus exact. Depuis octobre 2024, son rôle a été considérablement réduit : il n'émet plus, ne reçoit plus et ne gère plus les factures des entreprises.
Il conserve deux fonctions, essentielles mais en arrière-plan : tenir l'annuaire national qui relie votre SIREN à votre plateforme, et transmettre les données de facturation à l'administration fiscale.
Autrement dit, le passage par une plateforme agréée est obligatoire. C'est la première décision à prendre, et elle se prend avant septembre 2026.
Ce que la réforme ne change pas
C'est le point qui rassure le plus, et il mérite d'être dit clairement : votre facturation aux caisses n'est pas concernée.
Les feuilles de soins électroniques, la télétransmission via SESAM-Vitale, les retours NOEMIE, la transmission des pièces justificatives par SCOR : tout cela relève d'un circuit conventionnel distinct, qui continue exactement comme avant. Si vous voulez comprendre les points de friction de ce circuit-là, qui sont d'une autre nature, notre article sur SESAM-Vitale, SCOR et NOEMIE le détaille.
La réforme de la facturation électronique concerne vos relations avec vos fournisseurs et vos éventuels clients professionnels. Pas vos patients, pas la Sécurité sociale.
Ce qu'il reste à faire d'ici septembre 2026
- Faire l'inventaire de vos opérations soumises à la TVA. S'il n'y en a aucune, vous n'avez que la réception à traiter. S'il y en a, notez l'échéance de septembre 2027 pour cette partie.
- Interroger votre expert-comptable et votre éditeur de logiciel. Certains logiciels de gestion de cabinet intègrent déjà une solution de réception ; d'autres pas. La réponse détermine si vous avez une démarche à faire ou non.
- Choisir une plateforme agréée et vous y raccorder. C'est ce qui vous rend joignable dans l'annuaire.
- Décider qui traite les factures entrantes. Une facture reçue sur une plateforme et que personne ne consulte, c'est un impayé fournisseur en préparation.
Ce quatrième point est celui qu'on sous-estime le plus. La réforme ne fait pas disparaître le travail administratif, elle le déplace : moins de courrier, moins de saisie, mais un flux numérique à surveiller régulièrement.
FAQ
Un professionnel de santé libéral doit-il émettre des factures électroniques ? Non, pas pour ses actes de soins : ils sont exonérés de TVA et facturés à des particuliers ou à l'Assurance Maladie, donc hors du champ de la réforme.
Que se passe-t-il le 1er septembre 2026 pour un cabinet ? Il doit être en mesure de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs, ce qui suppose d'être référencé dans l'annuaire national et raccordé à une plateforme agréée.
Un PDF envoyé par mail est-il une facture électronique ? Non. La réforme exige un fichier structuré au format Factur-X, UBL ou CII, transmis par une plateforme, et non un document envoyé par courriel.
Et si j'ai une activité partiellement soumise à la TVA ? Cette partie de votre activité entre dans le dispositif, avec une obligation d'émission au 1er septembre 2027 pour les TPE et PME.
Ma facturation à la CPAM change-t-elle ? Non. SESAM-Vitale, les feuilles de soins électroniques et SCOR relèvent d'un circuit distinct, qui n'est pas modifié par cette réforme.
Anticiper plutôt que subir
L'échéance de septembre 2026 est modeste dans son contenu mais ferme dans sa date, et elle suppose une décision à prendre en amont : celle de la plateforme. Le reste est une question d'organisation, à savoir qui regarde les factures entrantes, à quelle fréquence, et ce qu'on en fait.
C'est exactement le type de sujet sur lequel une assistante spécialisée en gestion administrative fait gagner du temps : cadrer ce qui vous concerne réellement, écarter ce qui ne vous concerne pas, et mettre en place un suivi qui tient dans la durée.
Les informations de cet article reflètent le calendrier et les règles en vigueur à sa dernière mise à jour. La réforme ayant déjà connu plusieurs reports, vérifiez votre situation particulière auprès de votre expert-comptable.
